Trường được thành lập ngày 26/11/1996 trên cơ sở tách từ trường PTCS cấp 1,2 Trâu Quỳ. Đến ngày 01/07/2025, khi thực hiện mô hình chính quyền địa phương 2 cấp, nhà trường được mang tên Trường Tiểu học Trâu Quỳ.
Tháng 4 năm 2009, trường được công nhận đạt chuẩn quốc gia mức độ 1. Số lượng học sinh của nhà trường tăng nhanh qua các năm. Đến năm 2013, số lượng học sinh tăng đột biến, cơ sở vật chất cũ (xây dựng năm 1997) xuống cấp, không còn đáp ứng tiêu chí trường chuẩn quốc gia. UBND huyện đã phê duyệt xây dựng mới khu nhà học gồm 15 phòng học, 3 phòng chức năng và khu hiệu bộ, đáp ứng yêu cầu trường chuẩn và phù hợp sự phát triển của địa phương. Năm 2015, trường tiếp tục được đầu tư nâng cấp sân trường, thay mới hệ thống thiết bị điện, cửa của dãy nhà học xây năm 2007 để đồng bộ với khu nhà mới, tạo nên cảnh quan xanh – sạch – đẹp và môi trường sư phạm thân thiện.
Đội ngũ cán bộ, giáo viên của trường có chuyên môn vững vàng, phẩm chất tốt; các cán bộ quản lý đều có trình độ đại học và đã qua bồi dưỡng quản lý giáo dục, trong đó có đồng chí hiệu trưởng có trình độ thạc sĩ. 100% giáo viên đạt chuẩn. Tập thể cán bộ, giáo viên, nhân viên đoàn kết, trách nhiệm, luôn nỗ lực hoàn thành nhiệm vụ được giao. Nhờ vậy, phong trào thi đua dạy tốt – học tốt được đẩy mạnh, nhiều giáo viên đạt danh hiệu giáo viên dạy giỏi cấp Huyện và Thành phố.
Các hoạt động giáo dục của nhà trường được tổ chức bài bản, đa dạng và hiệu quả. Nhà trường tích cực hưởng ứng phong trào “Xây dựng trường học hạnh phúc” và đã trở thành một môi trường giáo dục hạnh phúc thực sự.
Công đoàn nhà trường phát huy tốt vai trò, xây dựng khối đoàn kết nội bộ và thực hiện có hiệu quả các phong trào thi đua của ngành. Công đoàn đã đạt nhiều thành tích nổi bật: Bằng khen của Tổng LĐLĐ Việt Nam (2020); Cờ thi đua Công đoàn cơ sở vững mạnh xuất sắc của LĐLĐ TP Hà Nội (2019 và 2025).
Trong suốt quá trình xây dựng và phát triển, trường nhận được sự quan tâm chỉ đạo của UBND huyện Gia Lâm (cũ), UBND xã Gia Lâm, cấp ủy – chính quyền địa phương và ngành giáo dục. Nhà trường luôn phối hợp chặt chẽ với Hội cha mẹ học sinh, làm tốt công tác XHHGD,... Nhờ đó, cơ sở vật chất, cảnh quan, môi trường giáo dục ngày càng hoàn thiện, đáp ứng yêu cầu của trường chuẩn quốc gia cả về quy mô và chất lượng.
Nhà trường luôn xác định rõ tầm nhìn, điểm mạnh, điểm yếu, thời cơ và thách thức để đề ra các biện pháp đổi mới, nâng cao hiệu quả hoạt động. Với sự nỗ lực bền bỉ của thầy và trò, trường liên tục đạt danh hiệu Tập thể lao động xuất sắc cấp Thành phố; được nhận Cờ thi đua, Bằng khen của Chủ tịch UBND Thành phố; Bằng khen của Bộ GD&ĐT; Bằng khen của Thủ tướng Chính phủ. Trong những năm tới, nhà trường phấn đấu được Nhà nước trao tặng Huân chương Lao động hạng Ba.